处理公司5000元罚款时，以下特殊情况或例外情形可能影响结果：
1. 若公司能证明员工行为致其实际经济损失，且罚款5000元与损失相符。根据相关规定，因劳动者本人原因造成用人单位经济损失的，用人单位可要求赔偿。若员工行为确实导致公司5000元损失，且公司能充分举证，罚款5000元可能合法。
2. 公司规章制度未经民主程序制定或未公示。即便公司以员工违反规章制度为由罚款5000元，但若该制度未经职代会或全体职工讨论、协商确定，也未公示，就不能作为罚款依据，此时公司罚款5000元违法，员工有权要求退还。
3. 劳动合同明确约定合法合理的罚款条款。若劳动合同约定特定情况下公司可罚款，且约定不违反法律、行政法规强制性规定，公司依约罚款5000元可能合法。但需注意，罚款金额每月扣除部分不得超员工当月工资20%，且扣除后剩余工资不低于当地最低工资标准。
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遭遇公司5000元罚款时，需避免以下错误操作，以免影响权益：
1. 不重视证据收集：员工若不及时收集公司规章制度、罚款通知等证据，后续维权难证明罚款违法，维权主张易不被认可。
2. 采取过激对抗行为：部分员工通过旷工、消极怠工等方式对抗，不仅无法解决问题，还可能因自身违纪被公司解除劳动合同，后果更不利。
3. 超过维权时效：劳动争议仲裁时效为一年，从知道或应当知道权利被侵害之日起算。若长时间不维权，超过仲裁时效可能丧失仲裁维权权利。
若不确定是否存在上述错误操作，或想了解正确维权方式，可咨询我为您提供解答。
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公司5000元罚款是否合法，可依据《工资支付暂行规定》第十六条分析。
《工资支付暂行规定》（1994年发布）第十六条规定：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”
从该条款可知，公司罚款5000元的前提是员工本人原因致公司损失，且按合同约定赔偿。若公司罚款基于此，还需看每月扣除是否超20%工资、剩余是否达最低工资标准。若公司无法证明损失存在，或未按合同约定，或扣除比例、剩余工资不符合规定，罚款5000元即违法。
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公司5000元罚款可能给员工带来以下法律风险点，需重视：
1. 经济损失风险：若罚款不合法，员工被扣除5000元工资会直接造成经济损失。例如员工月工资8000元，公司无合法依据一次性罚款5000元，员工当月收入损失5000元，影响正常生活开支。
2. 证据链风险：若员工无法提供罚款通知、公司规章制度等相关证据，维权时可能因证据不足无法证明罚款违法，导致维权失败。比如员工仅口头称被罚款5000元，无书面证据，劳动仲裁委员会可能难以支持其主张。

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